La loi sur l’eau et les milieux aquatiques (LEMA) du 30 décembre 2006 préconise le rétablissement de la continuité écologique par effacement des seuils de moulins comme dispositif prioritaire pour la sauvegarde des espèces de poissons en voie de disparition, la préservation de la biodiversité aquatique et le transport des sédiments. Le but de cette opération est de permettre aux poissons d’atteindre facilement les zones de frayères pour s’y reproduire. Selon la Fédération Française des Associations de sauvegarde des Moulins (FFAM), l’application aveugle de cette loi menace l’existence de 10 000 à 20 000 seuils et barrages en France d’ici 2018. La Fédération s’oppose à cette mesure extrême et s’appuie sur les analyses de chercheurs de l’IRSTEA et de l’ONEMA. L’une des équipes a récemment démontré que les seuils ne sont pas responsables de la disparition des poissons. Leur impact ne s’élève qu’à environ 10%, les 90% qui restent proviennent d’autres causes. Ces mêmes auteurs démontrent que les seuils hébergent une biodiversité bien supérieure à celle de la rivière, issue de plus de 2 000 ans de coévolution entre les activités humaines et les communautés de poissons. A cause des pollutions chimiques et médicamenteuses, et surtout du réchauffement climatique, la circulation des poissons ne peut plus conduire à leur multiplication, parce que les conditions du milieu aquatique sont aujourd’hui totalement différentes de ce qu’elles étaient autrefois.
Pour limiter les dégâts occasionnés par le dérèglement climatique, la FFAM demande à ce que les seuils soient protégés, pour que les retenues d’eau puissent remplir leur rôle de zones refuges pour la faune en cas de sécheresses, mais aussi de réserves d’eau pour l’agriculture et de ralentisseurs de crues. Les seuils, qui n’ont aucun impact négatif sur la qualité de l’eau, doivent être protégés pour leur permettre d’accomplir leur fonction de dénitrification, leur fonction puits de carbone, de fixation du phosphore et d’oxygénation de l’eau. La FFAM demande également que des mesures incitatives soient prises en faveur de l’équipement des seuils pour la production d’énergie hydraulique renouvelable et la création de nombreux emplois ruraux. La fédération souhaite un moratoire et créer un débat public. Elle veut pousser le Ministère de l’Ecologie à changer le mode d’exécution du classement des rivières.
